Setelah minyak dipress dari kernel, bahan yang tersisa disebut bungkil neem (Neem Cake). Bahan ini telah digunakan selama berabad-abad di India untuk kondisioner tanah. Pengalaman telah mengajari petani untuk memasukkan Neem Cake ke dalam tanah supaya tanah pertaniannya berproduksi lebih bagus dan tanaman yang biasanya mudah terserang hama menjadi lebih resistant.

Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mencari tahu mengapa tanaman tumbuh lebih baik pada tanah-tanah yang ditambahkan Neem Cake ke dalamnya. Penelitian juga mengungkapkan bahwa Neem Cake dapat memperbaiki kesuburan tanah sekaligus sebagai pengontrol hama dari dalam tanah seperti serangga dan nematoda yang merugikan. Neem Cake juga terbukti dapat membantu memperbaiki ketersediaan nitrogen tanah dan kehidupan organisme di dalam tanah menjadi lebih subur yang nantinya ketersediaan hara akan terjamin dengan sendirinya.

Dengan terbunuhnya sejumlah nematoda maka dengan sendirinya hama dari dalam tanah juga menjadi berkurang karena mereka biasanya merusak perakaran dan dengan demikian fungsi akar sebagai sumber penyerapan hara akan terganggu juga. Tanaman menjadi sakit dan susah pertumbuhannya. Ketersediaan nitrogen tanah dapat dikontrol dengan jalan mengurangi nitrifikasi, bakteri-bakteri seperti nitrosomonas dan nitrobacter akan dihambat pertumbuhannya dengan adanya Neem Cake. Beberapa penelitian juga membuktikan bahwa menggabungkan Neem Cake dengan pupuk akan menghasilkan panen yang lebih tinggi dibanding memupuknya secara sendiri.